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Il primo e più importante passo per eliminare la botrite è riuscire a riconoscerla, perché i sintomi sono simili a quelli di altre malattie da funghi parassiti. In commercio esistono diversi prodotti appositi contro la botrite, in vendita presso negozi di articoli per l'agricoltura o presso i florovivaisti. Antibotritici e fungicidi sono però in genere trattamenti per prevenire l'infestazione, perché poi non c'è più nulla che si possa fare. Le viti o le piante infettate vanno potate in modo da eliminare tutte le parti infette, che vanno distrutte per evitare il diffondersi delle spore del fungo. Per di più alcuni tipi di fungo, fra cui a botrytis cinerea, possono diventare resistenti al fungicida, se usato troppo spesso. Per prevenire l'infezione nelle piante d'appartamento in genere basta evitare di lasciarle in luoghi troppo umidi e poco areati.
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In particolari condizioni il fungo responsabile della botrite dell'uva può rivelarsi un alleato, invece che un nemico da debellare, anche se è importante tenerlo sempre sotto controllo. In climi più caldi e secchi, ma con momenti di elevata umidità come dopo un temporale o al mattino presto, l'infestazione fungina non riesce infatti a svilupparsi tanto da danneggiare irrimediabilmente le uve. La botrite si limita in questi casi ad appassire leggermente gli acini ed aumentare il grado zuccherino dell'uva. Su particolari varietà di uva, alcune delle quali sono naturalmente più resistenti ai parassiti, questo permette di ottenere vini liquorosi e dolci, generalmente bianchi, che risulteranno però un po' meno dolci dei passiti tradizionali, perchè parte dello zucchero è stato assorbito dal fungo.
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