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Tra le malattie fungine più frequenti bisogna menzionare anche la ruggine. Quest'ultima è provocata da funghi dell'ordine degli Uredinales e colpisce prevalentemente le coltivazioni ortofrutticole e le piante ornamentali. Le foglie degli esemplari infestati si ricoprono di macchie giallastre che diventano sempre più scure con il passare del tempo; nelle situazioni più gravi il fogliame va incontro ad avvizzimento e incorre in una caduta precoce. È essenziale eliminare e bruciare immediatamente le parti contaminate, in modo da scongiurare il diffondersi della malattia. La ruggine può essere prevenuta attraverso adeguate operazioni di concimazione e di irrigazione e viene solitamente curata con prodotti fungicidi a base di ossicloruro di rame o con soluzioni naturali come il macerato d'ortica.
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I funghi del genere Peronospora rappresentano la causa principale dell'omonima malattia, la quale colpisce soprattutto le parti verdi e i frutti delle piante. Tra le malattie fungine, la peronospora è una delle più pericolose dato che può provocare la formazione di aree necrotiche anche estese e di marciumi; questi ultimi determinano di frequente la globale rovina degli esemplari attaccati. Anche in questo caso vengono colpiti soprattutto gli alberi da frutto e quelli ornamentali, il cui fogliame si ricopre progressivamente di macchie giallastre dall'aspetto polverulento. Un ottimo metodo di prevenzione consiste nell'evitare i ristagni d'acqua nel terreno e nel mantenere le proprie coltivazioni sempre in eccellenti condizioni. Una soluzione è rappresentata dagli anticrittogamici a base di rame.
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